Rendimiento errático InnoDB

Estoy haciendo algunas testings con una tabla InnoDB muy simple (llamada Test) con la siguiente estructura:

Id int(10) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT UserId int(10) NOT NULL Body varchar(512) COLLATE utf8_unicode_ci NOT NULL CreatedAt datetime NOT NULL 

un índice adicional en UserId:

 KEY Idx_Test_UserId (UserId) USING BTREE 

Cuando bash ejecutar esta consulta …

 INSERT INTO Comments (UserId,Body,CreatedAt) VALUES (1,'This is a test',NOW()) 

… a veces tengo la operación completada en unos pocos milisegundos, pero en otras ocasiones tarda alnetworkingedor de un segundo.

Tengo el mismo problema con una instrucción SELECT simple:

 SELECT Body FROM Comments WHERE UserId=1 

Soy la única persona que hace las testings en esta tabla específica, realmente no entiendo que tengo tales diferencias de time de ejecución.

Última nota, cuando estoy haciendo las mismas testings con una tabla MyISAM no tengo ningún problema.

Para InnoDB, la variable "auto_increment" debe estar en un índice (primero o solo) para evitar algunos problemas de locking. Esto no sucede con MyISAM, por lo que yo entiendo.

Por cierto, ¿por qué no es "Id" la key principal? No es que sea necesario, pero sólo "parece" como debería ser para esta tabla.